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서비스 FAQ 목록

NGS Sequencing FAQ

Q1. Illumina platform을 사용하는 이유는 무엇인가요?

A1. 현재 illumina platform은 차세대 sequencing을 선도하고 있으며, 최고의 품질 및 용량을 제공하고 있습니다. 또한 다양한 genomics 분야에 적용가능하기 때문에 많은 범위의 연구분야를 지원할 수 있으며, 지금까지도꾸준한 평가 및 최신의 향상된 기술 개발을 통해 개선을 하고 있습니다.

Q2. 어떤 종류의 분석이 가능한가요?

A2. 유전체, 전사체, 후성유전체, 단백체 및 미생물관련 범주까지 주요한 모든 분야에 대한 분석이 가능하며, 이를 응용한 각종 질병에 대한 임상관련 분석까지도 그 범위가 확장되어 사용 되어지고 있습니다.

Q3. NGS를 이용한 서비스의 소요시간은 얼마나 걸리나요?

A3. 분석 목적 및 양에 따라 분석 소요시간 (turnaround time)이 수 일에서 수 주 정도로 다양하며, 지속적인 기술 개발로 그 속도가 점차 빨라지고 있습니다.

Q4. 샘플이 적은데 flow cell의 각 lane을 다 채워야하나요?

A4. 샘플마다 각기 다른 Index sequence를 가지고 있어, 분석 과정에서 각 샘플을 분리할 수 있으므로, 다른 application의 라이브러리와 혼합하여 실험을 진행합니다. 샘플의 수가 너무 적어 flow cell의 모든 lane을 다 채울 수 없는 경우,실험 일정이 늦어질 수 있으며 이에 대해 고객과 상의 후 실험 여부를 결정합니다.

Q5. Illumina platform을 이용한 sequencing은 어떻게 진행이 되나요?

A5. Library preparation → Cluster generation → Sequencing → Base calling → Bioinformatics 분석 순으로 진행됩니다. 목표로 하는 서열 길이는 36,50,75 또는 100 cycle로 선택을 할 수 있습니다. 이보다 더 긴 서열을 sequencing하기 위해서는 MiSeq을 이용하여 최대 300bp까지 합성이 가능합니다.

Q6.DNA는 어떻게, 어떤 상태로 준비해야 하나요?

A6. 가능하면 fragmentation 및 degradation이 없는 상태로 추출하여야 합니다. Phenol extraction 등 manual method 로 추출하거나 시중에 나와있는 어떤 종류의 kit를 사용하여 추출하여도 별 다른 문제는 없습니다. Gel electrophoresis 이미지 상에서 smear하게 끌리는 부분 (degradation)이 없어야 합니다. Library 준비과정에서 문제가 생길 수 있으므로 2회 분량 이상을 추천합니다.

Q7. RNA는 어떻게, 어떤 상태로 준비해야 하나요?

A7. 가능하면 degradation이 없는 total RNA로 준비하셔야 합니다. 판매되고 있는 column 형식의 RNA 추출 kit들은 200 nt 이상의 RNA만 추출 가능한 경우가 많으므로, small RNA sequencing을 위한 샘플은 Trizol 방식의 방법으로 total RNA를 추출하시거나, small RNA 추출 전용 kit을 사용하셔야 합니다.

Microarray FAQ

Q1.Sample의 replicate는 어느 정도 수준으로 준비해야 되나요?

A1. 정교한 통계분석을 위해 sample의 replicate는 많으면 많을수록 좋습니다. 최소한 3회 이상의 반복이 존재해야 통계분석이 가능해집니다

Q2. Methylation의 양상은 어떤 값으로 나오나요?

A2. Methylation의 양상은 average-beta 값으로 나타내며 0~1사이의 값으로 표현됩니다. 두 group 간 차이는 average-beta 값의 차에 해당하는 Delta beta 값으로 표현됩니다. Methylation 차이를 통계적으로 검정하여 p-value에 해당하는 DiffScore도 산출됩니다.

Q3. Microarray의 분석은 어떤 software로 진행되나요?

A3. 기본적으로 GenomeStudio를 이용하여 분석이 진행되며, 고객 요청시 R script, MeV 등 다른 software로 분석진행이 가능합니다.

Q4. 다배수체의 genotyping array의 분석 범위는 어디까지인가요?

A4. 기술적으로 8배수체까지 가능합니다. Genotype의 정확한 clustering을 위해서는 배수체의 크기가 커질수록 많은 sample을 준비하는 것이 좋습니다.

Q5. Illumina microarray 실험 의뢰시 유의사항은 무엇인가요?

A5. 제품별로 정해진 sample 단위수가 맞아야 실험 진행이 가능합니다.(예, HT-12: 12 sample, WG-6: 6 sample, Ref-8: 8 sample)

Q6.DNA는 어떻게, 어떤 상태로 준비해야 하나요?

A6. 가능한 fragmentation 및 degradation이 없는 상태로 추출하여야 합니다. Phenol extraction 등 manual method로 추출하거나 시중에 나와있는 어떤 종류의 kit를 사용하여 추출하여도 별 다른 문제는 없습니다. Gel electrophoresis 이미지 상에서 smear하게 끌리는 부분 (degradation)이 없어야 합니다.