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NGS Sequencing 서비스 목록

■ Whole Genome Resequencing

▶정의

Reference sequence가 확보되어 있는 특정 개체 간의 변이를 분석하는 서비스

▶대상

- Reference sequence가 확보된 경우

- 개체 또는 집단의 유전적 변이 (SNPs, insertions, deletions) 또는 유전체 구조적 변이 (inversions, complex rearrangements, copy number variation)를 확인하고 싶은 경우

▶Platform

Instrument Library Prep Kit Sample Type
HiSeq2000/2500

NextSeq500

MiSeq

TruSeq Nano DNA Kit

ThruPLEX FD Kit

ThruPLEX DNA-seq Kit

gDNA / FFPE / Plasma

De Novo Sequencing

■ 정의

Reference sequence가 없는 생물 종의 전체 염기서열 분석 서비스

■ 대상

-Reference sequence가 없는 경우

-서열이 밝혀지지 않은 종의 genome 서열을 알기 위함

■ Platform

-HiSeq2000/2500, NextSeq500, MiSeq, PacBio

Exome Sequencing

■ 정의

전체 유전체의 약 1~2 %에 해당하는 exon (coding region) 범위만 선택적으로 분석하는 서비스

■ 대상

-Exome만 capture하여 분석 하고자 하는 경우

-유전체 구조적 변이 (inversions, complex rearrangements, copy number variation)를 확인하고 싶은 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Library Prep Kit Sample Type 비고
HiSeq2000/2500, NextSeq500 SureSelect All Exon Kits

Nextera Exome Enrichment Kit

gDNA -
Personalis ACE Exome for Research

ACE Clinical Exome Test

gDNA/FFPE

gDNA
Accuracy와 coverage가 증대된 ACE seqeuncing

Targeted Resequencing

■ 정의

전체 genomic DNA 중 관심 부위 (targeted region)만 분석하는 서비스

■ 대상

-특정 질병 유전자 구간을 선택하여 유전적 변이 (SNPs, insertions, deletions) 또는 유전체 구조적 변이 (inversions, complex rearrangements, copy number variation)를 확인하고 싶은 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Library Prep Kit Sample Type 비고
MiSeq TruSeq Custom Amplicon

TruSeq Amplicon - Cancer Panel

gDNA / FFPE -
RainDrop & MiSeq ThunderBolts gDNA / FFPE / Plasma Low input sample로 uniform coverage NGS data 획득 가능

Transcriptome Sequencing

■ 정의

rRNA를 제외한 mRNA, non-coding RNA (long intergenic non-coding RNAs / small nucleolar RNA / small nuclear RNA) 등 모든 RNA 유전자를 분석하는 서비스

■ 대상

- 모든 RNA 유전자 (rRNA 제외) 분석을 원하는 경우

- 200 nt 이상 long non-coding RNAs 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Protocol Sample Type 비고
HiSeq2000/2500,NextSeq500, MiSeq rRNA depletion Total RNA rRNA depleted-RNA - Strand specific 가능

- mRNA와 다양한 종류의 non-coding RNA (lincRNA, snRNA, snoRNA)의 분석 가능

mRNA Sequencing

■ 정의

poly-T oligo를 이용한 selection을 통해 mRNA만 분석하는 서비스

■ 대상

- mRNA 유전자만 분석을 원하는 경우

- mRNA-seq을 통해 difference gene expression profiling / strand orientation / uniform coverage / alternative transcripts / gene fusion/ allele-specific expression을 하기를 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Protocol Sample Type 비고
HiSeq2000/2500,NextSeq500, MiSeq Poly-T oligo를 이용한 mRNA enrichment Total RNA

mRNA
Strand specific 가능

Small RNA Sequencing

■ 정의

짧은 서열의 20~30 nucleotide의 non-coding RNA (miRNA / siRNA / piRNA / snoRNA)를 분석하는 서비스

■ 대상

- Small RNA (miRNA / siRNA / piRNA / snoRNA) 유전자 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Protocol Sample Type 비고
HiSeq2000/2500,NextSeq500, MiSeq Small RNA의 구조적 특성을 이용 Total RNA

Small RNA
-

Whole Genome Bisulfite Sequencing(WGBS)

■ 정의

Bisulfite conversion을 통해 single base resolution 수준으로 methylation을 분석하는 서비스

■ 대상

- Whole genome에서 고해상도인 single base resolution 수준으로 methylation 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Sample Type
HiSeq2000/2500,NextSeq500 gDNA

Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing(MeDIP-Seq)

■ 정의

Methylated cytosine에 결합하는 antibody의 면역침강 반응을 이용하여 선택적으로 capture된 구간을 분석하는 서비스

■ 대상

- 저해상도이지만 전장유전체에 걸쳐 methylation 분석을 원하는 경우

- WGBS에 비해 적은 시간과 비용으로 methylation state 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Sample Type
HiSeq2000/2500,NextSeq500 gDNA

Chromatin Immunoprecipitation Sequencing(ChIP-Seq)

■ 정의

유전자 조절에 영향을 미치는 전사인자들이나 chromatin-associated binding protein들이 DNA상에 붙는 위치를 면역침강반응을 이용하여 분리하여 분석하는 서비스

■ 대상

- 관심 단백질에 따른 전사인자 결합 부위 또는 modification 부위 분석을 원하는 경우

- 타겟 단백질의 DNA상에 붙는 부위 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Sample Type
HiSeq2000/2500,NextSeq500 gDNA, ChIPed DNA

Methyl-CpG Binding Domain Sequencing(MBD-Seq)

■ 정의

Methyl-CpG binding domain protein을 이용하여 methylated region만 capture하여 분석하는 서비스

■ 대상

- 저해상도이지만 전장유전체에 걸쳐 methylation 분석을 원하는 경우

- WGBS에 비해 적은 시간과 비용으로 methylation state 분석을 원하는 경우

■ Platform 및 Protocol

Instrument Sample Type
HiSeq2000/2500,NextSeq500 gDNA